Ved siden af den parlamentariske kontrol og Wamberg-udvalgets kontrol er FE undergivet bevillingsmæssig kontrol, som Rigsrevisionen står for. Revisionen gennemføres principielt på samme måde som revisionen af statens øvrige regnskaber.

Revision af særligt klassificerede regnskaber i forbindelse med FE’s virke foretages af en dertil særlig beskikket medarbejder i Rigsrevisionen. Der redegøres for den foretagne revision over for rigsrevisor, mens der over for statsrevisorerne kun rapporteres i klassificeret form, hvis særlige forhold undtagelsesvis nødvendiggør dette.