FE er underlagt forsvarsministeren, og virker direkte under ansvar over for denne. Forsvarsministeren udsteder bestemmelser for tjenestens virksomhed og varetager på regeringens vegne den overordnede kontrol med tjenesten. FE holder løbende forsvarsministeren underrettet om tjenestens virksomhed, herunder om samarbejdet med udenlandske partnere.


Folketingets kontrol
Fra Folketingets side er den politiske kontrol med FE suppleret med et særligt udvalg, udvalget vedrørende efterretningstjenesterne.
Folketingets kontrol


Wamberg-udvalget
Der foretages en særlig kontrol af FE's registrering og videregivelse af oplysninger om danske statsborgere og herboende udlændinge. Disse forhold er underlagt Tilsynsudvalget vedrørende politiets og forsvarets efterretningstjenesters behandling af personoplysninger.
Wamberg-udvalget


Rigsrevisionen
FE har egen hovedkonto på Finansloven, og FE er undergivet bevillingsmæssig kontrol, som Rigsrevisionen står for.
Rigsrevisionen