Sikkerhedsefterretningstjeneste omfatter indhentning og analyse af informationer vedrørende truslerne mod forsvaret i Danmark og udlandet. Resultatet indarbejdes i FE’s trusselsvurderinger, hvor der ud over en beskrivelse af de enkelte trusler foretages en vurdering af deres størrelse (INGEN trussel, LAV trussel, MIDDEL trussel, HØJ trussel og MEGET HØJ trussel).

Ud over skriftlige trusselsvurderinger, der primært benyttes af de politiske og militære beslutningstagere, giver FE mundtlige briefinger til personel, der skal udsendes til international tjeneste. Senest ved personellets hjemkomst foretager FE en debriefing, således at personellets observationer i missionsområdet kan nyttiggøres af FE. Debriefinger gennemføres ofte i missionsområdet umiddelbart før personellet vender hjem.