Den Militære Sikkerhedstjeneste har til formål at beskytte forsvaret imod spionage, sabotage, terrorisme og andre former for kriminalitet. Beskyttelsen omfatter ikke alene forsvarets enheder og installationer i Danmark, men også forsvarets styrker og observatører i udlandet. Trusselssituationen overvåges løbende af FE, således at der rettidigt kan iværksættes passende modforholdsregler.

Den Militære Sikkerhedstjeneste er opdelt i to hovedområder:

• Sikkerhedsefterretningstjeneste.
• Forebyggende sikkerhedstjeneste.

Forsvarets Sikkerhedsbestemmelser er beskrevet i Forsvarskommandobestemmelse 358-1.

Bestemmelsen er gældende for hele forsvarsministeriets koncernområde og for civile virksomheder, der udfører klassificeret arbejde for koncernen. Det er FE, der på forsvarschefens vegne udarbejder og vedligeholder de militære sikkerhedsbestemmelser.